Die Entstehung der Kapitolinischen Museen lässt sich bis ins Jahr 1471 zurückverfolgen, als Papst Sixtus IV. dem römischen Volk eine Gruppe von Bronzestatuen von großem symbolischem Wert schenkte. Die Sammlungen sind eng mit der Stadt Rom verbunden, und die meisten Exponate stammen aus der Stadt selbst.

Die Gesamtstruktur der Sammlung änderte sich in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts, als das Museum eine bedeutende Skulpturengruppe erwarb, nachdem Papst Pius V. beschlossen hatte, den Vatikan von „heidnischen“ Darstellungen zu befreien: Bemerkenswerte Kunstwerke bereicherten die Sammlungen und verliehen ihrem bis dahin überwiegend historischen Charakter eine ästhetische Dimension.

Im Rahmen der umfassenden Sanierungsarbeiten an den Kapitolinischen Museen begannen im Oktober 1998 archäologische Ausgrabungen im Römischen Garten (im Inneren des Palazzo dei Conservatori). Ziel war es, Hinweise auf antike Ruinen zu finden, bevor der Bereich in einen überdachten Ausstellungsraum umgewandelt wurde.
Die Ausgrabungen brachten einige der beeindruckenden Fundamentmauern aus Bruchsteinen des kapitolinischen Jupitertempels ans Licht, die bereits bei früheren Ausgrabungen teilweise freigelegt worden waren, und ermöglichten es so, einige Details der Tempelkonstruktion zu klären.

Die derzeit für die Öffentlichkeit geschlossenen Räume unterhalb der Caffarelli-Terrasse waren Teil der Ausstellung des Mussolini-Museums, das nach streng wissenschaftlichen Kriterien in zehn Räume gegliedert und 1925 eröffnet wurde, wie die Inschrift neben dem Caffarelli-Palast, der an den gleichnamigen Belvedere grenzt, noch heute in Erinnerung ruft.