カピトリーノ美術館の創設は、1471年にさかのぼります。この年、教皇シクストゥス4世が、象徴的価値の高い青銅像の群像をローマ市民に寄贈しました。このコレクションはローマ市と密接な関係にあり、展示品のほとんどはローマ市内から集められたものです。

16世紀後半、教皇ピウス5世がバチカンから「異教」の像を排除するという決定を下したことに伴い、博物館は重要な彫刻群を取得し、コレクションの全体的な構成が変更された。これにより、著名な芸術作品が加わり、それまで概して歴史的な性格が強かったコレクションに、美的側面が加わることとなった。

カピトリーノ美術館の全面的な改修工事の一環として、1998年10月、ローマ庭園（コンセルヴァトーリ宮殿内）での考古学的発掘調査が開始された。この調査は、同エリアが屋根付きの展示スペースに改装される前に、古代遺跡の痕跡を発見することを目的としていた。
この発掘調査により、以前の発掘で部分的に発見されていたカピトリーノのジュピター神殿の、切り出し石で築かれた印象的な基礎壁の一部が明らかになり、これにより神殿の構造に関する詳細の一部を解明することが可能となった。

現在一般公開されていない、カファレッリ・テラスの下にあるこれらの部屋は、かつてムッソリーニ博物館の一部であり、厳格な科学的基準に基づいて10の展示室に分けられ、1925年に開館した。同名のベルヴェデーレに隣接するカファレッリ宮殿の脇に掲げられた碑文が、今もそのことを物語っている。